水行政执法程序是水行政主管部门及水行政执法人员对特定的、具体的公民、法人及其它组织作出具体行政行为时所必须严格遵守的程序，包括宪法、法律、行政法规、地方法规所规定的法定形式，步骤和时限的过程。水行政执法实施的方式有：水行政检查监督、水行政许可、水行政处罚、水行政调解。
      一、水行政检查监督
    水行政检查监督是水行政机关依法对水行政管理相对人遵守水法规情况进行的检查监督活动。发现问题，及时进行处理。为防患于未然，因此，必须实施全面的经常的检查监督。水行政检查监督包括防汛抗洪、河道管理范围内建设项目许可、河道管理、水工程管理、水土保持等的内容。
      二、水行政许可
     水行政许可是县级以上水行政机关，根据有关法律、法规的规定，在水行政管理职权范围内，依相对人申请，准予相对人从事某种水事活动的水行政决定。水行政许可包括取水许可、河道管理范围内采砂许可等。其程序是：
     （一） 提出申请
     申请相对人要以书面形式提出，说明申请理由；当与第三者有利害关系时，应附具第三者承诺书或说明情况的文件。
     （二） 审查申请
     水行政机关对相对人的申请，要及时审查。对申请内容不全的，要求申请人加以补充。审查必须在法定时间内完成。
     （三） 批准申请
     水行政机关决定批准申请的，应当立即办理手续，发放许可证或者批准证书。许可证中应规定较为详细的有关权利、义务及注意事项，以便持证人遵照执法和发证机关检查管理。对不予批准的，要及时通知书面申请人，并告知不予批准的理由。
     （四） 许可的中止
      由于自然等特殊原因，无法实现许可内容，就要中止许可。如非常缺水时期，水量只能保证生活供水。那么，就要中止或者削减有关工业部门的取水。中止或者削减一般是暂时的，期后可以听候恢复。
     （五）许可的废止
     许可废止一般有以下几种原因：
     1. 持证人未经批准，非法转证改变用途；
     2. 违反规定,危及工程安全、影响公共安全,污染环境；
     3. 违反许可证规定的权利，拒不履行许可证规定的义务；
     4. 许可证期限届满。

     三、水行政处罚
      水行政处罚是县级以上水行政机关根据法律、法规的规定，对于违反水法规但尚未引起刑事责任的单位和个人所作的制裁。《行政处罚法》第三条规定：“没有法定依据或者不遵守法定程序的，行政处罚无效”。严格按照法定程序实施水行政处罚，对于保证水行政处罚的公正、公开、提高水行政处罚的效率，保护公民、法人或者其他组织的合法权益，避免水行政处罚机关因程序上的欠缺而导致实体上的败诉，具有十分重要的意义。
      (一) 简易程序
      简易程序又称当场处理程序,一般适应于对公民处以五十元以下、对法人或者其他组织处以一千元以下罚款或者警告的情况。其程序是：1.向当事人出示行政执法证件;2.口头告知当事人违法事实,处罚理由和依据,并告知当事人依法享有陈述和申辩的权利;3.听取当事人的陈述和申辩。4.填写预定格式、编有号码的水行政处罚决定书；5.将水行政处罚决定书当场交给当事人；6.在五日内将水行政处罚决定报所属水行政处罚机关备案。
      （二）一般程序
      一般程序又称普通程序，是对于事实比较复杂或者情节比较严重的违法行为给予法定较重的行政处罚时所适用的行政处罚程序。根据《行政处罚法》的规定，一般程序主要适用于对公民处以五十元以上、对法人或者其他组织处以一千元以上的罚款，没收非法所得或非法财产，暂扣或者吊销许可证等较重的水行政处罚。其程序是：
      1. 受理与立案
     立案是案件调查处理的开始。水行政执法人员在实施监督中发现、水行政主管机关交办、其他部门移送或群众举报的水事案件进行审查时，认为有违返水法规的事实，需要追究其法律责任的，依法决定展开调查处理。
其立案条件：
     （1）具有违反水法规事实的；
     （2）依照法律、法规、规章的规定应当给予水行政处罚的；
     （3）属水行政处罚机关管辖的；
     （4）违法行为未超过追究时效的。
      2、调查取证
      水政监察人员依法调查案件，应遵守下列程序：
     （1）向被调查人出示行政执法证件；
     （2）告知被调查人要调查的范围或者事项；
     （3）进行调查（包括询问当事人、证人、进行现场勘验、检查等）；
     （4）制作调查笔录，笔录由被调查人核对后签名或者盖章。被调查人拒绝签名或者盖章的，应当有两名以上水政监察人员在笔录上注明情况并签名。
      3、告知
      水行政处罚机关做出处罚决定前，应当口头或书面告知当事人给予水行政处罚的事实、理由、依据和拟做出的水行政处罚决定，并告知当事人依法享有的权利。
     4、裁决
     水行政处罚机关对调查结果进行审查，按照违法的性质、情节、危害程度，作出水行政处罚决定。
     5、文书和送达
     送达方式有：直接送达；留置送达；邮寄送达；公告送达；委托送达等。
      水行政处罚决定时须载明下列事项：
     （1）当事人的姓名或者名称、地址；
     （2）违法事实和认定违法事实的证据；
     （3）水行政处罚的种类和依据；
     （4）水行政处罚的履行方式和期限；
     （5）不服水行政处罚决定，申请行政复议或者提起行政诉讼的途径和期限；
     （6）作出水行政处罚决定的水行政处罚机关名称和日期。
      6、执行
      违法当事人对水行政主管部门依法作出的具体行政行为所设定的义务逾期不履行的，由作出该具体行政行为的水行政主管部门依法强制执行或申请人民法院强制执行，以迫使其履行义务。
    （1）行政强制执行；
    （2）司法强制执行；
      7、结案
      水行政执法人员在查处的案件执行完毕后，应及时填写《水事违法案件结案报告》，经主管领导批准结案。
     （三）听证程序
     听证程序是水行政处罚机关在作出水行政处罚决定之前，为利害关系人提供机会，对特定的问题进行论证、辩驳的过程。其程序是：
     1、当事人提出听证的请求，可以在听证告知书的送达回证上签署意见，也可以在收到告知书三日内以其它方式向水行政处罚机关提出听证要求。
     2、行政机关发出听证通知书。水行政处罚机关在举行听证的七日前，应将听证的时间、地点等事项书面告知当事人。
     3、举行听证
    （1）主持人宣布听证开始，简要宣布听证理由，听证纪律，当事人享有的权利，核对案件调查人和当事人身份；
    （2）处罚机关的调查人员对当事人违法事实，提出证据加以证明，并提出处罚建议；
    （3）当事人的申辩和质证。当事人可以就事实部分进行申辩，也可就处罚机关的证据提出质疑，有权提出证明自己没有违法或违法较轻的依据。
    (４) 听证结束后,将调查人员提出当事人违法事实、证据和行政处罚的建议，呈送水行政处罚机关负责人作出最后裁决。
     四、水行政调解
     水行政调解是由水行政机关通过说服教育的方法,促使双方当事人友好协商、互让互谅、达成协议、解决的活动。水行政调解不属于水行政执法，而是水行政司法。
     其程序是：
     (一) 申请与受理
     (二) 调查取证
     (三) 召集双方当事人或者代表人进行调解
     (四) 水事纠纷调解解决后，要及时形成协议